Por empezar por el ayer más tardío nos remitimos al investigador abulense Mariano Serna que ha descubierto unas estructuras defensivas pertenecientes a la Edad del Bronce (hace aprox. 3000 años). Se trata de cercas empedradas destinadas quizás a refugio eventual de gentes asentadas en las inmediaciones de Los Calocos, aunque sin descartar la posibilidad de un asentamiento permanente de corta duración.
Una de las estructuras se halla en la cima de El Caloco Medio, espectacular cerro de aspecto mágico, situado dos kilómetros al noroeste de El Caloco.
Ha identificado los restos de una estructura de finalidad mágico-ritual o sagrada: un círculo de cincuenta metros de diámetro y entre dos y tres de anchura, constituido por piedras de pequeño y mediano tamaño, que rodea la parte más alta del cerro.
En cuanto a los posibles autores del hoy desconocido yacimiento del Caloco Medio, debemos atribuírselo, con toda posibilidad, a las gentes que, entre el primer y el segundo milenio antes de Cristo, levantaron la fortificación del cerro de El Caloco; y lo hicieron, seguramente, para rendir culto al Sol, pues el Caloco Medio, según los cálculos de Serna, viene a determinar el Solsticio de verano, ya que el Sol contemplado desde la fortificación del Caloco, se pone precisamente tras ese cerro situado a 315º del anterior, por lo que vendría a funcionar como un calendario solar que determinaba el paso del verano al invierno.
El pueblo en un principio se llamaba sólo Las Navas y contaba con Consejo, vecindario y término propio, hasta que en 1448 una carta de Enrique IV ordena su fusión con el vecino pueblo de Zarzuela del Monte, pasando a llamarse Navas de Zarzuela.
Debido a la extraordinaria devoción que a partir del siglo XVII se desencadenó a favor de la ermita de San Antonio de Padua, o del Cerro, se empezó a usar más su nombre actual.
Navas de San Antonio es así llamado porque en su término se halla la ermita de San Antonio del Cerro. Cuenta la tradición que San Antonio se apareció tres veces a un muchacho, Juan González, pidiéndole que los vecinos del pueblo levantaran una iglesia que llevara su nombre.
Pero los lugareños no creyeron el milagroso suceso que relataba el muchacho hasta que éste, presto a demostrar que no mentía y que en realidad había presenciado las apariciones de San Antonio, le pidió que demostrase su poder resucitando a una mujer a punto de ser enterrada. La petición se hizo realidad y con ella comenzó la devoción por el franciscano, hecho recogido con todo detalle por el notario Martín Gómez, cuyo acta lleva fecha de 1455. En ese mismo año se constituye la cofradía del Santo y poco después, debido a la creciente devoción de la gente del lugar, se construye una ermita en el lugar de la aparición, primero con la edificación de un templo en su honor en un cerro, a unos 3 kilómetros del pueblo, por eso también el santo se le conoce como San Antonio del Cerro.
Desde entonces, los feligreses han mostrado su devoción por San Antonio en las tres fiestas que allí se celebran en su honor (el 13 de junio, al domingo siguiente y el segundo domingo de octubre).
Y es que aunque el primitivo templo se edificó tras el milagroso acontecimiento ocurrido mediado el siglo XV, los vecinos decidieron levantar uno mejor tiempo después, coincidiendo con el gran fervor que por San Antonio se despertó. Así, desde 1729 el gran santuario de San Antonio decora el paraje natural en el que se localiza con su bella traza rematada por una espadaña campanario sobre la puerta de acceso.
Perteneció al sexmo de San Martín de la Comunidad de Villa y Tierra de Segovia formado por los pueblos siguientes: Ituero y Lama, Cobos de Segovia, Labajos, Lastras del Pozo, Maello, Monterrubio, Muñopedro, Navas de San Antonio, Otero de Herreros, Vegas de Matute, Villacastín, Zarzuela del Monte.
Fue el más extenso y, en otro tiempo, el más poblado. En sus aldeas, contribuían indistintamente los vecinos nobles y los del estamento llano por ser de behetría en virtud de un privilegio concedido por el rey Felipe IV.
El Sexmo de San Martín ocupa la parte S.O. de la provincia y está constituido por un terreno eminentemente montañoso.
D. Pacual Madoz, en su Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de ultramar, tomo XII, página 36, en 1849 describe el pueblo del siguiente modo:
- Construcciones casi todas de un solo piso.
- Dos plazas, la principal, con soportales en la Casa del Ayuntamiento, y la otra donde se corren los toros.
- Dos paneras que pertenecían al pósito de Madrid, construidas en 1.746, que miden 200 pies de largo por cincuenta de ancho.
- La Iglesia Parroquial dedicada a San Nicolás de Bari.
- La Ermita de San Antonio del Cerro, al norte del pueblo a tres cuartos de legua.
- Y tres arroyos.

En el año 1992 se aprobaron el escudo y la bandera como signos representativos de la localidad:
Escudo medio partido y cortado. Primero de oro con la imagen de San Antonio del Cerro, con sus colores. Segundo de sinople con tres espigas de oro. Tercero de gules con el acueducto de plata, sobre peñascos de lo mismo. Timbrado de la corona real española.
Los elementos son principalmente cinco: la pertenencia secular a la Comunidad de Villa y Tierra de Segovia; el Santo del que toma el nombre (San Antonio del Cerro), la piedra berroqueña en que se asienta el término; las magníficas Paneras Reales (que pudieran representarse mediante el fruto del trigo) y la relevancia histórica del Iglesia local.
Bandera fajada de verde, amarillo y gris, y brochante al centro el escudo municipal, en sus colores.
Es cuadrada como corresponde a los Concejos. El color verde significa los prados; el gris, la piedra de granito; el amarillo, el grano.